En 1992, el Centro de Investigación en Cómputo Paralelo, ubicado en Williamsburg, Virginia, patrocinó un taller de estándares de paso de mensajes en ambientes de memoria distribuida. En este taller se discutieron las características básicas de una interfaz de paso de mensajes estandarizada, y se formó un grupo de trabajo para definir el estándar.
En la conferencia de Supercómputo, en 1993, se presentó una versión preliminar del estándar MPI, y se constituyó el MPI Forum como organismo encargado de supervisar la evolución del estándar. El MPI Forum es un foro cuya membresía está abierta a cualquiera interesado en el cómputo de alto rendimiento.
La especificación definitiva de MPI 1.0 se completó en 1994, y se ha revisado y actualizado constantemente. Actualmente la especificación más reciente es MPI-2.